いードットぷりんとすたっくとれーす: rJava

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2015年1月19日月曜日

rJavaを用いたヒストグラム画像生成と，その画像によるパラパラ漫画

前回の「Rの作図によるパラパラ漫画」用のクラス(RBase)を用意して，それの拡張(RSample)で実行する形にしてみた．
実行のためのパラメータ類についてはrJavaを用いてJavaからRを動かしたPostと同様にR_HOME等を設定する．
（ファイルにPNG画像を書き出して読み込んで描画するを繰り返すので注意）

結果

2015年1月18日日曜日

math/R・rJavaでのPlot画像をJavaのPanelに貼り付ける

rJavaを用いてJavaからRを動かしたPostのRSampleと入れ替えてみる．
（ファイルにPNG画像を書き出して読み込んで描画するを繰り返すので注意）

結果

2015年1月11日日曜日

math/RでPlotをrJava経由でやってみる(SVG)

rJavaを用いてJavaからRを動かしたPostのRSampleと入れ替えてみる．

結果

<html><body>

<svg xmlns="http://www.w3.org/2000/svg" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" width="504pt" height="504pt" viewBox="0 0 504 504" version="1.1">
<defs>
<g>
<symbol overflow="visible" id="glyph0-0">
<path style="stroke:none;" d="M 0.390625 0 L 0.390625 -8.609375 L 7.21875 -8.609375 L 7.21875 0 Z M 6.140625 -1.078125 L 6.140625 -7.53125 L 1.46875 -7.53125 L 1.46875 -1.078125 Z M 6.140625 -1.078125 "/>
</symbol>
…
<path style="fill:none;stroke-width:0.075;stroke-linecap:round;stroke-linejoin:round;stroke:rgb(74.509804%,74.509804%,74.509804%);stroke-opacity:1;stroke-miterlimit:10;" d="M 59.039062 416.800781 L 473.761719 416.800781 "/>
</g>
</g>
</svg>

</body></html>

参考

math/RでPlotをrJava経由でやってみる

rJavaを用いてJavaからRを動かしたPostのRSampleと入れ替えてみる．

結果

<html><body><img src="data:image/png;base64,iVBORw0KGgoAAAANSUhEUgAAAeAAAAHgCAYAAAB91L6VAAAD8GlDQ1BJQ0MgUHJvZmlsZQA
…
IgAALGEUADbJzLUGAQAAEQAIEoEEADHAUvog4gAAIgAALGEfj/xnxImx+sxQYAAAAASUVORK5CYII="></body></html>

参考

2015年1月10日土曜日

math/Rでの関数モデルの当てはめをrJava経由でやってみる

前回のRSampleと入れ替えて，データファイル(dist.dat)を用意してみる．

src/rJava/RSample.java

dist.dat

結果

R_HOME:/usr/local/Cellar/r/3.1.2/R.framework/Versions/3.1/Resources
java.library.path:.:/usr/local/Cellar/r/3.1.2/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/rJava/jri
a*x+b: a=-0.03550333158708252, b=8.498046248230285  (AIC 1712.5095155708004)
a*x^b: a=39.75900134122691, b=-0.5633965054825036  (AIC 1550.0470141120295)
a*b^x: a=21.2572188567732, b=0.9751177432706232  (AIC 1240.9971794263668)

参考

R言語で統計解析入門：非線形回帰分析　A nonlinear regression analysis　梶山　喜一郎

math/R 3.1.2 をJava 1.8.0_25 から使う (MacOSX 10.10.1 + Homebrew 0.9.5 + Eclipse 4.4.1)

Homebrew/r-command

```
$ brew tap homebrew/science
```
```
$ brew install r
```

$ R CMD javareconf JAVA_CPPFLAGS="-I/System/Library/Frameworks/JavaVM.framework/Headers -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_25.jdk"

Eclipse
- Java Projectを作る
- BuildPathに追加する
  - ```
  /usr/local/Cellar/r/3.1.2/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/rJava/jri/JRI.jar
```
- コードを追加する
  - src/rJava/RSample.java
- 一度RSampleをJavaApplicationとして実行してしまって，JavaApplicationの実行パネルを作ってしまう
- RunConfigureから上記で作成されたJavaApplicationのConfigureを選択し，以下を追加する
- 再度RSampleを実行．

参考

JavaからR言語を呼び出せる環境の構築 - Qiita

2009年10月6日火曜日

math/R をJavaから使う２

追記（2015/2/18): 新しいの書いた．math/R 3.1.2 をJava 1.8.0_25 から使う (MacOSX 10.10.1 + Homebrew 0.9.5 + Eclipse 4.4.1)

JRIがrJavaに含まれて以下のようになっていたのでメモ．

０．'sudo port install r' でインストール(MacPorts 1.8.1)
１．Rで'install.packages("rJava") 'でインストール．
→ ${HOME}/R/i386-apple-darwin10.0.0-library/2.9/rJava ができる．
(１回目で失敗してただ２回目を実行したらうまくいったんだけどなんで？）
２．あとは前回と同じ．
２．１ (rJavaのjriフォルダにある)JRI.jarをCLASSPATHに追加
２．２実行時のjava.library.pathに(rJavaのjriフォルダにある)libjri.jnilibに設定
２．３環境変数R_HOMEに/opt/local/lib/Rを設定
２．４ (LD_LIBRARY_PATHの設定いらないみたい）
３．Rengineのコンストラクタの第一変数に"--save"or"--no-save"等は必要らしい
３．１ 'new Rengine(new String[]{"--no-save"}, false, new TextConsole());'とかかしらね

そんな感じ．

2008年6月30日月曜日

math/R をJava(Eclipse)から使う

追記（2015/2/18): 新しいの書いた．math/R 3.1.2 をJava 1.8.0_25 から使う (MacOSX 10.10.1 + Homebrew 0.9.5 + Eclipse 4.4.1)

追記（2009/10/6): rJavaに含まれたそうで，そのメモ．

RをJavaから使うのに色々あるみたいなんですがまぁ流れ流れてJRIに行き着きました．
でやり方メモ．

環境
・MacOS X 10.5.3 / Java 1.5.0_13
・Eclipse 3.2.2
(・R 2.7.0)
(・JRI 0.4-1)

０．Rを入れる．

> sudo port install R

2.7.0が入った．

１．JRIをdownload, configure, make, テスト
・JRIをdownloadして展開 (0.4-1)
・configureとmakeとテスト

> ./configure
> make
> ./run rtest
> ./run rtest2

２．必要なモノとコト
モノ
・src/JRI.jar
・src/libjri.jnilib
コト
・R_HOME=/opt/local/lib/R という環境設定
・LD_LIBRARY_PATH=${R_HOME}/bin:${R_HOME}/lib　という環境設定
・既にLD_LIBRARY_PATHがあればLD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:${R_HOME}/bin:${R_HOME}/lib
・Java実行時にjava.library.pathをlibjri.jnilibへ向けての設定．
・Javaコンパイル，実行時にclasspathにJRI.jarを含める設定．

３．試す．
３．１プロジェクトを作成
lib/JRI.jar, lib/libjri.jnilibを設置，lib/JRI.jarはプロジェクトに含めておく（説明を省きます）．

３．２コード
Sample_Rクラスをつくってmainを書く．とりあえず動作させるだけなのでこんな感じ．

import org.rosuda.JRI.Rengine;

public class Sample_R {
 public static void main(String[] args) {
  if (!Rengine.versionCheck()) {
   System.err
     .println("** Version mismatch - Java files don't match library version.");
   System.exit(1);
  }
  Rengine re = new Rengine(new String[]{"--no-save"}, false, null);
  if (!re.waitForR()) {
   System.out.println("Cannot load R");
   return;
  }
  System.out.println(re.eval("sqrt(36)"));
  re.end();
 }
}

３．３実行環境の設定
・メニューバー Run/Open Run Dialog...を選択
・Sample_Rに関するものを選択，まずはArguments
VM argumentsとして'-Djava.library.path=./lib'を設定

・次にEnvironment
環境変数としてR_HOMEとLD_LIBRARY_PATHを設定する．LD_LIBRARY_PATHで同時に設定したR_HOMEが参照できなかった…のでとりあえず全部入力した．R_HOME=/opt/local/lib/R, LD_LIBRARY_PATH=/opt/local/lib/R/bin:/opt/local/lib/R/lib

４で実行．

[REAL* (6.0)]

とりあえず動いたけど．合ってるかしら？間違いがあればご指摘いただければ幸いです．

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